Research Project Computational Plant Genomics

Worum geht's

Du arbeitest in einem individuellen Forschungsprojekt im Bereich Computational Plant Genomics. Du lernst, NGS- und andere pflanzen- genomische Daten mit aktuellen Bioinformatik-Tools auf Linux/HPC-Umgebungen zu verarbeiten, eigenständig Analysen durchzuführen und Ergebnisse wissenschaftlich zu dokumentieren und zu präsentieren.

Was du danach kannst

Sicherer Umgang mit Linux und HPC-Clustern
Vertiefung von Kenntnissen zu NGS- und pflanzlichen Genomdaten
Anwendung verschiedener Bioinformatik-Tools und -Methoden
Entwicklung und Einsatz von Bioinformatik-Pipelines
Effiziente Nutzung wissenschaftlicher Literatur und Datenquellen
Eigenständige Planung und Durchführung eines Forschungsprojekts
Kritische Interpretation biologischer Analyseergebnisse
Klare Dokumentation und Präsentation von Forschungsergebnissen

Aus was das Modul besteht

ForschungsprojektDurchführung eines individuellen Projekts mit betreutem Forschungsfragekatalog
Präsenz-/FeedbacksitzungenRegelmäßige Rückmeldungen zur Projektfortschritt und Methodenreflexion
Präsentationen im ArbeitskreisVorstellung des Projektfortschritts und Diskussion wissenschaftlicher Literatur

Lehrmethode

Individuelle Projektbetreuungenge Supervision zur Entwicklung und Umsetzung eigener Analysen
Hands-on Training auf Linux/HPCpragmatischer Umgang mit Datenverarbeitung und rechenintensiven Workflows
Tutorials / How-to-GuidesUnterstützung beim Erlernen konkreter Tools und Workflows
Benchmarking von ToolsBewertung von Geschwindigkeit, Genauigkeit und Eignung verschiedener Software
Teilnahme an GruppensitzungenPräsentation und Diskussion zur Einordnung der Ergebnisse

Solltest du schon können

Solide Grundlagen in Molekularbiologie
Grundkenntnisse in Computational Biology
WZ0637: Lab Course Methods for Analysis of Next Generation Sequencing Dataempfohlen
LS20039: Fundamentals of Computational Data Analysis and Bioinformatics for Plant Transcriptomics and RNA-seqempfohlen

Prüfung

ProjektberichtPräsentation

Die Modulbewertung besteht aus einem Projektbericht (~5000 Wörter / 15–20 Seiten, inklusive Abbildungen und Referenzen) und einer Präsentation. Der Bericht macht 65 % der Endnote aus und soll Forschungsstand, Hypothese, Methoden, Analyse, Bewertung und kritische Reflexion der angewandten Methoden zeigen. Die Präsentation (20 Minuten Vortrag + 10 Minuten Diskussion) trägt 35 % zur Note bei. Angaben zu Hilfsmitteln werden nicht gesondert aufgeführt.

Literatur

Bayer, P.E. et al. - Plant pan-genomes are the new reference. Nat. Plants (2020).
Schreiber, M. et al. - Plant pangenomes for crop improvement, biodiversity and evolution. Nat Rev Genet (2024).
Pereira-Santana, A., Gamboa-Tuz, S. D., Rodríguez-Zapata, L. C. (Eds.) - Plant comparative genomics. Humana (2022).
Emms, D.M., Kelly, S. - OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics. Genome Biol (2019).
Bioconductor workflow - rnaseqGene (Gene expression analyses).
Yang, Z., Nie, G., Feng, G. et al. - Genome-wide identification... of the NAC transcription factor family in orchardgrass. BMC Genomics (2021).

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