Applied Experimental Evolution and Bioinformatics

Worum geht's

In diesem Modul arbeitest Du mit einem Pilzmodell (im Sommersemester Zymoseptoria tritici, im Wintersemester eine andere Pilzart) und lernst experimentelle Evolution, Labortechniken und bioinformatische Auswertung von NGS-Daten. Am Ende kannst Du Versuchsdesign und Statistik planen, mikrobiologische und molekularbiologische Versuche durchführen und Genomdaten (Quality Control, Mapping, SNP-Analyse) auswerten und wissenschaftlich berichten.

Was du danach kannst

• Versuchsplanung und statistische Auslegung (z.B. mit R)
• Beschaffung und Zugriff auf NGS-Rohdaten und Referenzgenome
• Kenntnis gängiger Genomdateiformate (z. B. BAM, VCF)
• Grundlegende Linux- und Cluster-Nutzung für Bioinformatik
• Durchführung von Qualitätskontrolle, Trimmen, Read-Mapping und SNP-Calling
• Mikrobiologie: Kultivierung von Pilzen auf Platten und in Flüssigkultur
• Molekularbiologie: DNA/RNA-Extraktion, cDNA-Synthese, Probenvorbereitung für NGS
• Interpretation der evolutionären Mechanismen von Fungizidresistenz
• Integration von NGS-Techniken in Felddiagnostik und experimentelle Studien
• Erstellung eines wissenschaftlichen Berichts von Experiment bis Analyse

Aus was das Modul besteht

• VorlesungEinführung in Fungizidresistenz, experimentelles Design und Fallstudien
• Praktikum / LaborMikrobiologische und molekularbiologische Versuche: Pilzkulturen, DNA/RNA-Extraktion, cDNA-Synthese, Probenvorbereitung für NGS
• Übung / ComputerpraktikumBioinformatik- und Statistikübungen: NGS-Qualitätskontrolle, Trimmen, Read-Mapping, SNP-Calling und Analyse
• PräsentationVorstellung und Diskussion veröffentlichter Artikel zu Fungizidresistenz und Resistenzmanagement

Lehrmethode

• Vorlesung (PowerPoint)Vermittlung der theoretischen Grundlagen von Experimentdesign und Fungizidbehandlung
• LaborpraktikumErwerb praktischer mikrobiologischer und molekularbiologischer Fertigkeiten
• ComputerübungenErlernen und Anwenden von Bioinformatik- und Statistiktools
• Fallpräsentationen und DiskussionAnwendung des Gelernten auf reale Beispiele und kritische Reflexion