Analysis of Epigenomic Data

Worum geht's

Du lernst, wie man epigenomische NGS-Daten (z. B. ChIP-seq, WGBS) analysiert und mit Genexpressionsdaten integriert. Am Ende kannst du Daten herunterladen, aufbereiten, analysieren (Alignment, Qualitätskontrolle, Peak-/Methylierungsanalyse) und die Ergebnisse biologisch interpretieren.

Was du danach kannst

• Linux und R nutzen
• Unterscheidung von ChIP-seq und WGBS
• Aufbau von Sequenzdateien verstehen
• Sequenzdateien manipulieren und vorverarbeiten
• Software für ChIP-seq- und WGBS-Analysen anwenden
• Analyseergebnisse interpretieren
• Ergebnisse zu konkreten biologischen Fragestellungen abfragen

Aus was das Modul besteht

• PraktikumZentrale Lehrform: Praxisnahe Arbeit an aktuellen Forschungsfragen in Pflanzen-Epigenetik unter Anleitung
• ComputerübungenDurchführung der NGS-Analyse-Schritte (Linux, R, Alignment, Peak-/Methylierungsanalyse)
• LiteraturstudiumErarbeitung des Hintergrunds und Einordnung der Analyseergebnisse
• PräsentationVorbereitung und Darstellung der Ergebnisse vor der Gruppe

Lehrmethode

• Computer practicalPraktische Anwendung und Training der Datenanalyse-Fertigkeiten
• Individualisierte AnleitungEnge Betreuung zur Klärung individueller Fragen und Methoden
• Kritische Diskussion mit Betreuern und ForschungsgruppenmitgliedernInterpretation und Einordnung der Analyseergebnisse im wissenschaftlichen Kontext