Lab Course Methods for Analysis of Next Generation Sequencing Data

Worum geht's

Du lernst die praktische Analyse von Next-Generation-Sequencing-(NGS)-Daten: von Rohdaten über Qualitätskontrolle, Mapping und SNP-Calling bis zur Analyse von RNA‑seq-Expression und einfacher de-novo-Assemblierung. Am Ende kannst Du vollständige Analyse-Pipelines auf einem Linux-System/Cluster ausführen, typische Fehlerquellen erkennen und Ergebnisse wissenschaftlich dokumentieren.

Was du danach kannst

• Unterschiedliche NGS-Datentypen kennen
• Rohdaten bis zu SNP- oder Genexpressionsresultaten verarbeiten
• Genomische Daten analysieren und SNPs identifizieren
• RNA‑seq-Daten für Genexpressionsanalysen verarbeiten
• Bias und statistische Probleme bei SNP- und Expressionsanalysen erkennen
• Analyse‑Software unter Linux und auf einem Cluster anwenden
• Grundlegende Statistik mit R durchführen
• Eine wissenschaftliche Beschreibung einer Analyse-Pipeline verfassen

Aus was das Modul besteht

• Vorlesung/ÜbungKurze Einführungen in Konzepte und statistische Grundlagen; Einführung in Tools
• Praktikum/Hands-onÜbungen am Computer und auf einem Cluster zur praktischen Anwendung der Tools und Pipelines
• Selbstständige DatenanalyseAnalyse eines zugewiesenen Datensatzes und Erstellung des Abschlussberichts

Lehrmethode

• KurzvorträgeVermittlung von Konzepten und Werkzeugen als Einstieg vor den Übungen
• Praktische Übungen am RechnerAnwenden der gezeigten Methoden und Üben von Pipelines unter Linux/auf dem Cluster
• GruppendiskussionErgebnisse mit Kommilitonen diskutieren; Zusammenfassung durch die Lehrperson
• Kurs-WikiDokumentation aller Kommandozeilen und Übungen als Leitfaden für die Pipeline