Research Project: in silico Evolutionary Genetics of Plants and Pathogens

Worum geht's

In diesem Modul arbeitest Du an einem Forschungsprojekt aus der evolutionären Genetik von Pflanzen und Krankheitserregern. Du analysierst entweder genomische Next-Generation-Sequencing(Daten) oder modellierst biologische Fragestellungen mit stochastischen Simulationen in R und lernst, die Ergebnisse statistisch zu bewerten und kritisch zu diskutieren.

Was du danach kannst

• Verwendung klassischer Bioinformatik-Tools für NGS-Daten
• Sichere Nutzung des Linux-Betriebssystems und einem Rechnercluster
• Grundlegende Statistik und Datenanalyse mit R
• Erkennen und Bearbeiten der Schritte von Rohdaten bis zu SNP-Calls
• Durchführung einer de-novo-Genomassemblierung einfacher Genome
• Formulierung und Implementierung stochastischer Modelle in R
• Kritische Bewertung von Analyse-Pipelines und Fehlerquellen
• Verfassen eines wissenschaftlichen Projektberichts

Aus was das Modul besteht

• Praktisches ForschungsprojektDurchführung und Vertiefung eines Projekts entweder an NGS/genomischen Daten oder an einem mathematischen Modell
• ComputerübungenAnwenden von Softwaretools und Programmierung für Analyse bzw. Simulation
• Selbstständige LiteraturarbeitAuswahl und Zusammenfassung relevanter Literatur zur Bearbeitung der Fragestellung

Lehrmethode

• ComputerübungUm die praktischen Analyse- und Programmierfähigkeiten zu vermitteln
• Praktisches ForschungsprojektUm eigenständiges Arbeiten an einer konkreten Fragestellung zu trainieren
• Autonomes ArbeitenFür Literaturrecherche, Fragestellungsentwicklung und Berichtserstellung