Einführung in die computergestützte Datenanalyse und Bioinformatik für Pflanzentranskriptomik und RNA-seq

Worum geht's

In diesem praxisorientierten Modul lernst Du die grundlegenden Konzepte und Werkzeuge zur Auswertung von RNA‑Sequenzierungsdaten (RNA‑Seq) kennen. Du erwirbst Fertigkeiten von der Qualitätskontrolle über Trimmen und Mapping bis zur quantitativen Bestimmung von Genexpression, differenziellen Expressionsanalysen und funktionellen Anreicherungsanalysen und kannst am Ende eine vergleichende RNA‑Seq‑Datenanalyse eigenständig durchführen.

Was du danach kannst

• Anwenden bioinformatischer Auswertungsmethoden
• Analyse von Hochdurchsatz‑RNA‑Sequenzierungsdaten verstehen
• Biologische Grundlagen von RNA‑Sequenzierungsprojekten kennen
• Werkzeuge und Methoden zur Auswertung von RNA‑Seq‑Daten bedienen
• Eigenständige Durchführung eines Vergleichsprojekts mit RNA‑Seq‑Daten
• Sicherer Umgang mit Kommandozeile und bioinformatischen Tools
• Anwenden grundlegender statistischer Konzepte in RNA‑Seq‑Analysen

Aus was das Modul besteht

• Übung / Hands‑onPraktische Durchführung eines eigenen Projekts von Anfang bis Ende
• TheorieeinheitenVermittlung der notwendigen Grundlagen und Konzepte
• PräsentationAbschließende Vorstellung der Projektergebnisse durch Studierendengruppen

Lehrmethode

• Problemorientiertes Lernen (POL)Anwendung von POL‑Instrumenten zur Bearbeitung und Verständnis unterschiedlicher Sichtweisen
• Hands‑on ProjektarbeitEigenständige praktische Anwendung der Konzepte an eigenen Datensätzen
• Vorlesungsfolien und HandoutsVermittlung theoretischer Grundlagen und als Nachschlagewerk
• Software‑gestützte Übungen (z.B. R, DESeq2, Trimmomatic)Praktische Anwendung bioinformatischer Tools
• Diskussions‑ und Q&A‑SitzungenKlärung offener Fragen und Vertiefung des Verständnisses